Ректор, который является научным руководителем Программы, осуществляет общее руководство Программой и несет персональную ответственность за ее реализацию (конечные результаты, целевое и эффективное использование выделяемых финансовых средств), а также определяет формы и методы управления Программой. Ректор университета представляет учредителю университета ежегодный отчет о достижении результатов по ключевым индикаторам и показателям Программы.
Управление Программой осуществляет ученый совет МЭИ, который:
- рассматривает результаты выполнения Программы и готовит рекомендации, направленные на повышение ее эффективности;
- выявляет научно-технические и организационные проблемы, возникающие в ходе выполнения Программы, и намечает пути их устранения;
- организует проверки выполнения мероприятий, целевого и эффективного использования выделяемых средств.
Оперативное управление Программой возлагается на исполнительную дирекцию Программы в составе:
- руководитель исполнительной дирекции;
- представители учебного, научного и административно-хозяйственного управлений университета;
- руководители мероприятий Программы.
Выполнение каждого мероприятия Программы поручается отдельной рабочей группе, руководитель которой подчиняется непосредственно руководителю исполнительной дирекции.
Дополнительно формируются рабочие группы, действующие в интересах выполнения всей Программы и обеспечивающие ее финансовое сопровождение, организацию закупок оборудования, работ и услуг, информационное сопровождение, экспертизу результатов выполнения Программы.
Попечительский совет университета организует работу по привлечению дополнительных внебюджетных средств для реализации Программы.
При формировании структуры управления Программой учитывался успешный опыт управления инновационной образовательной программой МЭИ в 2007 - 2008 годах.